Mặc dù cả hai đều đại diện cho các loại thuốc thay thế, nhưng thật kỳ lạ khi các tín đồ của hai loại thuốc khoa học này không bao giờ so sánh với loại kia mà luôn luôn dùng thuốc Allopathic.
Ayurvedic đã được thực hành ở Đông Nam Á cho các ion trong khi vi lượng đồng căn đã được thực hành trong ba thế kỷ. Cả hai đều theo triết lý khác nhau trong việc chữa các bệnh. Trong khi một loại thuốc Ayurvedic bổ sung cho các loại thuốc trị dị ứng khoa học, thì vi lượng đồng căn chống lại nó. Các tín đồ của thuốc Ayurveda cho rằng việc tự nhiên không thể gây hại cho người ta.
Ayurveda tin vào việc ngăn ngừa bệnh tật trong khi vi lượng đồng căn dựa trên việc chữa khỏi bệnh. Yoga là một phần của hình thức y học Ayurveda được sử dụng trên toàn thế giới như một hình thức điều trị và được cộng đồng khoa học chấp nhận rộng rãi. Trong y học Ayurvedic và mát xa được sử dụng để làm đau khổ và được khen ngợi là tự nhiên hơn.
Ở Ayurveda, người ta tin rằng người ta có thể không mắc bệnh gì bằng cách giữ độc tố ra khỏi cơ thể. Nó cũng sử dụng cả thuốc uống làm từ thảo mộc và gia vị và các quy trình phẫu thuật để loại bỏ độc tố ra khỏi cơ thể; do đó chữa khỏi bệnh và các bệnh khác nhau. Trong vi lượng đồng căn, các bệnh được chữa khỏi bằng cách đưa ra các triệu chứng tương tự như các bệnh ở dạng loãng hơn nhiều. Người ta tin rằng điều này sẽ giúp lực lượng cuộc sống trong việc vô hiệu hóa bệnh và từ đó chữa khỏi bệnh nhân.
Theo triết lý của vi lượng đồng căn, các bệnh không được tiếp xúc, nhưng luôn luôn có mặt trong chúng ta. Những người hành nghề vi lượng đồng căn tin rằng những rối loạn trong lực lượng cuộc sống là nguyên nhân chính gây ra bệnh và cần được sửa chữa để chữa khỏi bệnh.
Mặc dù cả Ayurveda và vi lượng đồng căn đều tin vào tầm quan trọng của một tâm trí tích cực, chúng khác nhau rất nhiều trong các hình thức điều trị. Vi lượng đồng căn luôn luôn chỉ trích các loại thuốc điều trị dị ứng và tin rằng các bệnh được điều trị bằng thuốc trị dị ứng không bao giờ rời khỏi cơ thể mà chỉ giảm bớt và bệnh sẽ quay trở lại khi hết tác dụng của các loại thuốc này..
Hiệu lực của các loại thuốc này sẽ luôn luôn bị tranh cãi mà không có bên nào liên quan đến bên kia.