Sự khác biệt giữa BLAST và FastA

Các sự khác biệt chính giữa BLAST và FastA là thế BLAST là một công cụ căn chỉnh cơ bản có sẵn tại trang web của Trung tâm Thông tin Công nghệ sinh học Quốc gia trong khi FastA là một công cụ tìm kiếm tương tự có sẵn tại trang web của Viện Tin sinh học Châu Âu.

BLAST và FastA là hai phần mềm được sử dụng rộng rãi để so sánh trình tự sinh học của DNA, axit amin, protein và nucleotide của các loài khác nhau và tìm kiếm sự tương đồng của chúng. Những thuật toán được viết giữ tốc độ trong tâm trí. Bởi vì, khi các nhà khoa học có thể phân lập DNA trong phòng thí nghiệm vào giữa những năm 1980, nó đã nảy sinh nhu cầu so sánh và tìm ra các gen giống hệt nhau để nghiên cứu thêm ở tốc độ cao. Do đó, hai phần mềm này được phát triển theo cách mà người dùng có thể thực hiện tìm kiếm nhanh các chuỗi tương tự với các chuỗi truy vấn của họ.

BLAST là từ viết tắt của Công cụ Tìm kiếm Đối chiếu Nội bộ Cơ bản và sử dụng phương pháp địa phương hóa trong việc so sánh hai chuỗi. FastA là phần mềm đề cập đến Fast A trong đó A là viết tắt của All. Tại đây, phần mềm hoạt động với các bảng chữ cái như Fast A để giải trình tự DNA và Fast P cho protein. Cả BLAST và FastA đều rất nhanh trong việc so sánh bất kỳ cơ sở dữ liệu bộ gen nào và do đó, rất khả thi về mặt tiền tệ cũng như tiết kiệm thời gian.

NỘI DUNG

1. Tổng quan và sự khác biệt chính
2. BLAST là gì
3. FastA là gì
4. Điểm tương đồng giữa BLAST và FastA
5. So sánh cạnh nhau - BLAST vs FastA ở dạng bảng
6. Tóm tắt

XANH là gì?

BLAST là một trong những phần mềm tin sinh học được sử dụng rộng rãi nhất được phát triển vào năm 1990. Kể từ đó, nó có sẵn cho tất cả mọi người tại trang NCBI. Hơn nữa, bất kỳ ai cũng có thể truy cập phần mềm này và sử dụng nó. Hơn nữa, BLAST là một phần mềm cần dữ liệu đầu vào hoặc chuỗi theo định dạng FastA. Nhưng, nó cung cấp dữ liệu đầu ra ở định dạng văn bản, HTML hoặc XML đơn giản. BLAST hoạt động theo nguyên tắc tìm kiếm sự tương đồng cục bộ giữa hai chuỗi và liệt kê ngắn các chuỗi tương tự, và sau đó, nó tìm kiếm sự tương đồng của vùng lân cận.

Hình 01: Kết quả BLAST

Do đó, phần mềm này tìm kiếm một số lượng lớn các khu vực địa phương tương tự và đưa ra kết quả đạt được giá trị ngưỡng. Tuy nhiên, quá trình này khác với phần mềm trước đó, nó tìm kiếm toàn bộ chuỗi trước và sau đó thực hiện so sánh, và do đó, mất rất nhiều thời gian.

Ngoài việc kiểm tra sự giống nhau ở trên, BLAST còn có nhiều ứng dụng khác như lập bản đồ DNA, so sánh hai gen giống hệt nhau ở các loài khác nhau, tạo ra một cây phát sinh gen, v.v..

FastA là gì?

FastA là một phần mềm sắp xếp chuỗi protein. David J. Lipman và William R. Pearson đã mô tả phần mềm này vào năm 1985. Mặc dù việc sử dụng phần mềm này ban đầu chỉ là so sánh các chuỗi protein, phiên bản sửa đổi của nó cũng có thể so sánh trình tự DNA. Ở đây, phần mềm này sử dụng nguyên tắc tìm sự tương đồng giữa hai chuỗi theo thống kê. Nó khớp một chuỗi DNA hoặc protein với chuỗi khác bằng phương pháp căn chỉnh trình tự cục bộ.

Hình 02: FastA

Tuy nhiên, nó tìm kiếm các khu vực địa phương cho sự tương đồng, nhưng không phải là kết hợp tốt nhất giữa hai chuỗi. Vì phần mềm này so sánh các điểm tương đồng cục bộ đôi khi, nó cũng có thể đi kèm với sự không phù hợp. Trong một chuỗi, FastA có một phần nhỏ được gọi là k-tuples, trong đó các bộ dữ liệu có thể từ 1 đến 6 và khớp với các bộ dữ liệu của chuỗi khác. Khi kết thúc quá trình khớp, khi đạt đến giá trị ngưỡng, nó tạo ra kết quả.

Điểm tương đồng giữa BLAST và FastA là gì?

• BLAST và FastA là các công cụ tin sinh học được sử dụng để so sánh trình tự protein và DNA cho sự tương đồng.
• Ngoài ra, cả hai chương trình đều sử dụng chiến lược chấm điểm để so sánh giữa các chuỗi.
• Hơn nữa, cả hai công cụ đều cho kết quả chính xác cao.

Sự khác biệt giữa BLAST và FastA là gì?

BLAST là một công cụ để kiểm tra sự giống nhau giữa các chuỗi sinh học. Mặt khác, FastA là một chương trình khác tạo điều kiện cho việc kiểm tra sự giống nhau của các chuỗi protein và DNA. Tuy nhiên, so với FastA, phần mềm BLAST rất phổ biến vì nó tạo ra kết quả nhanh và chính xác hơn. Do đó, đây là sự khác biệt giữa BLAST và FastA. Hơn nữa, không giống như FastA, chương trình BLAST có thể sửa đổi theo nhu cầu của người dùng. Do đó, đây là một sự khác biệt khác giữa BLAST và FastA.

Infographic dưới đây về sự khác biệt giữa BLAST và FastA cung cấp thêm chi tiết.

Tóm tắt - BLAST vs FastA

BLAST và FastA là hai chương trình cho phép người dùng so sánh chuỗi truy vấn của mình với các chuỗi trong cơ sở dữ liệu hiện có và kiểm tra sự tương đồng. Mục đích ban đầu của FastA là chỉ so sánh các chuỗi protein. Nhưng, phiên bản sửa đổi của phần mềm này tạo điều kiện thuận lợi cho cả so sánh trình tự protein và DNA. Mặc dù FastA là phần mềm tốt, hầu hết mọi người sử dụng công cụ căn chỉnh BLAST vì nó phổ biến hơn và tạo ra kết quả nhanh và chính xác hơn so với FastA. Ngoài ra, công cụ BLAST có thể sửa đổi theo yêu cầu của người dùng. Tóm lại, điều này tóm tắt sự khác biệt giữa BLAST và FastA.

Tài liệu tham khảo:

1.Madden, Thomas. Công cụ phân tích trình tự BLAST. Báo cáo Thần kinh học và Thần kinh học hiện tại., Thư viện Y khoa Quốc gia Hoa Kỳ, 15 tháng 3 năm 2013. Có sẵn tại đây 

Hình ảnh lịch sự:

1. Kết quả vụ nổ CCDC132 vụ nổ của NCBI Blast - NCBI Blast, (Tên miền công cộng) qua Commons Wikimedia  
2. Vùng quảng bá của FAM149A (định dạng FASTA), bởi By By LarsonGCD - Công việc riêng, (CC BY-SA 3.0) qua Commons Wikimedia