Sự khác biệt giữa trình tự bắn súng phân cấp và toàn bộ bộ gen
Share
Các sự khác biệt chính giữa trình tự bắn súng phân cấp và toàn bộ bộ gen là trong trình tự bắn súng phân cấp, bộ gen được chia thành các mảnh lớn hơn trước khi giải trình tự trong khi, trong toàn bộ trình tự bắn súng bộ gen, toàn bộ bộ gen được chia thành các mảnh nhỏ để giải trình tự.
Giải trình tự là một kỹ thuật quan trọng trong các quá trình phân tử, đặc biệt là trong việc xác định chính xác các loài. Trên thực tế, đó là kỹ thuật xác định thứ tự chính xác của các nucleotide trong gen hoặc bộ gen. Có nhiều kỹ thuật để giải trình tự. Một số trong số này bao gồm Phương pháp Maxam Gilbert, Phương pháp Sanger và Phương pháp Sanger tự động.
NỘI DUNG
1. Tổng quan và sự khác biệt chính
2. Trình tự bắn súng phân cấp là gì
3. Trình tự bắn súng toàn bộ bộ gen là gì
4. Điểm tương đồng giữa trình tự bắn súng phân cấp và toàn bộ bộ gen
5. So sánh cạnh nhau - Trình tự bắn súng phân cấp so với toàn bộ bộ gen ở dạng bảng
6. Tóm tắt
Trình tự bắn súng phân cấp là gì?
Giải trình tự Shotgun phân cấp là một phương pháp giải trình tự. Nó cũng được gọi là "trình tự từ trên xuống". Hơn nữa, phương pháp này bao gồm hai bước: bước đầu tiên là khuếch đại bộ gen và bước thứ hai là phân chia bộ gen. Trong phương pháp này, bộ gen được cắt thành các mảnh lớn đầu tiên. Tiếp theo là sự nhân bản của những mảnh lớn này thành nhiều vật chủ khác nhau bằng cách sử dụng vectơ hoặc nhiễm sắc thể nhân tạo. Sau đó, các vectơ tái tổ hợp này được sắp xếp vào một thư viện. Trong quá trình giải trình tự shotgun, vectơ tái tổ hợp trải qua trình tự riêng lẻ. Các mảnh trong các dòng vô tính trải qua quá trình tiêu hóa hạn chế để tiếp tục giảm kích thước bộ gen, do đó trải qua trình tự.
Hình 01: Trình tự bắn súng phân cấp
Trong trình tự bắn súng phân cấp, các mảnh lớn phải được sắp xếp theo thứ tự, trước khi sắp xếp súng ngắn. Nó diễn ra với sự trợ giúp của các dấu phân tử được kết hợp trong quá trình nhân bản.
Trình tự bắn súng phân cấp tạo ra một bản đồ gen có độ phân giải thấp. Nhưng nó tạo ra một bản đồ trình tự theo thứ tự. Vì vậy, nó mất một thời gian dài hơn trình tự trực tiếp. Toàn bộ quá trình trì hoãn do việc tạo ra một thư viện vector tái tổ hợp. Có phải nó cũng là một kỹ thuật thâm dụng lao động. Tuy nhiên, hiện tại, kỹ thuật được tự động hóa để giảm bớt công việc.
Trình tự bắn súng toàn bộ bộ gen là gì?
Toàn bộ trình tự bắn súng bộ gen là một quá trình giải trình tự bước duy nhất. Trong quá trình này, toàn bộ quá trình cắt genome diễn ra đầu tiên. Theo đó, mỗi mảnh nhỏ này trải qua trình tự ngẫu nhiên. Sau khi hoàn thành trình tự, phân tích trình tự diễn ra. Trong quá trình phân tích trình tự, các chuỗi trùng lặp được loại bỏ và phân tích không phải là một quy trình theo thứ tự. Do đó, việc lắp ráp các chuỗi là một quá trình kém hiệu quả so với trình tự bắn súng phân cấp. Tuy nhiên, quá trình sắp xếp toàn bộ trình tự bắn súng bộ gen diễn ra nhanh hơn và việc phân tích toàn bộ bộ gen có thể diễn ra trong một trường hợp duy nhất.
Điểm giống nhau giữa trình tự bắn súng phân cấp và toàn bộ bộ gen?
- Trình tự bắn súng phân cấp và toàn bộ bộ gen là hai cách tiếp cận trình tự.
- Cả hai đều trải qua các phương pháp giải trình tự Sanger hoặc tự động Sanger.
- Họ tham gia giải trình tự các đoạn DNA và RNA.
- Hơn nữa, cả hai phương pháp đều quan trọng trong chẩn đoán phân tử và mục đích nghiên cứu.
- Hiện tại, cả hai kỹ thuật là tự động hoặc dựa trên máy tính.
- Cả hai kỹ thuật đều dựa vào sự phân mảnh của bộ gen.
Sự khác biệt giữa trình tự bắn súng phân cấp và toàn bộ bộ gen là gì?
Trình tự bắn súng phân cấp tạo ra các mảnh có kích thước lớn hơn so với trình tự bắn súng toàn bộ bộ gen, hoạt động với các mảnh nhỏ của chuỗi. Vì vậy, đây là sự khác biệt chính giữa trình tự bắn súng phân cấp và toàn bộ bộ gen. Bên cạnh đó, trình tự bắn súng theo cấp bậc bao gồm hai bước chính, trong khi trình tự bắn súng toàn bộ bộ gen phụ thuộc vào một bước chính.
Hơn nữa, một sự khác biệt khác giữa trình tự bắn súng theo cấp bậc và toàn bộ bộ gen là độ phân giải cao hơn trong trình tự bắn súng toàn bộ bộ gen so với trình tự bắn súng phân cấp.
Infographic dưới đây tóm tắt sự khác biệt giữa trình tự bắn súng phân cấp và toàn bộ bộ gen.
Tóm tắt - Trình tự bắn súng phân cấp và toàn bộ bộ gen
Trình tự bắn súng phân cấp và toàn bộ bộ gen là hai kỹ thuật để sắp xếp bộ gen lớn. Trình tự bắn súng phân cấp là một quá trình gồm hai bước trong đó trình tự bộ gen được chia thành các mảnh lớn hơn. Ngược lại, trình tự bắn súng toàn bộ bộ gen là một trình tự bước duy nhất trong đó bộ gen được chia thành các mảnh nhỏ và trực tiếp giải trình tự. Vì vậy, đây là sự khác biệt chính giữa trình tự bắn súng phân cấp và toàn bộ bộ gen. Hơn nữa, các khía cạnh kỹ thuật có thể khác nhau giữa hai kỹ thuật.
Tài liệu tham khảo:
1. Waterston, Robert H, et al. Nghiêng về trình tự bộ gen người. Kỷ yếu của Viện Hàn lâm Khoa học Quốc gia Hoa Kỳ, Viện Hàn lâm Khoa học Quốc gia, 19 tháng 3 năm 2002, Có sẵn tại đây.
2. Pal, Shital. "Trình tự bộ gen." LinkedIn SlideShare, ngày 4 tháng 11 năm 2014, Có sẵn tại đây.
Hình ảnh lịch sự:
1. Trình tự bắn súng toàn bộ bộ gen so với trình tự bắn súng phân cấp theo trình tự Sắp xếp theo thứ tự, theo các phương pháp sinh học tính toán và ứng dụng của chúng vào bộ gen so sánh của vi khuẩn cộng sinh nội bào Biol. Thủ tục trực tuyến (2009). Truy cập qua SpringerImages (CC BY-SA 2.5) qua Commons Wikimedia
