Sự khác biệt giữa dịch Nick và mở rộng Primer

Sự khác biệt chính - Nick dịch vs Mở rộng Primer
 

Dịch Nick và mở rộng mồi là hai kỹ thuật quan trọng được thực hiện trong Sinh học phân tử. Sự khác biệt chính giữa dịch nick và phần mở rộng primer là quá trình dịch nick tạo ra các đầu dò có nhãn cho các kỹ thuật lai khác trong khi Phương pháp mở rộng mồi xác định một chuỗi RNA cụ thể từ hỗn hợp và tiết lộ thông tin về biểu hiện của mRNA. Cả hai kỹ thuật đều có tầm quan trọng lớn và được thực hiện thường xuyên trong phòng thí nghiệm nghiên cứu phân tử.

NỘI DUNG
1. Tổng quan và sự khác biệt chính
2. Dịch thuật Nick là gì
3. Mở rộng Primer là gì
4. So sánh cạnh nhau - Dịch thuật Nick vs Mở rộng Primer
5. Tóm tắt

Nick dịch là gì?

Dịch Nick là một kỹ thuật quan trọng được sử dụng để chuẩn bị các đầu dò có nhãn cho các kỹ thuật sinh học phân tử khác nhau như làm mờ, tại chỗ lai hóa, huỳnh quang tại chỗ lai tạo, vv Nó là một trong ống nghiệm phương pháp ghi nhãn DNA. Các đầu dò DNA được sử dụng để xác định trình tự DNA hoặc RNA cụ thể. Với sự trợ giúp của đầu dò có nhãn, các mảnh cụ thể có thể được đánh dấu hoặc hình dung từ hỗn hợp phức tạp của axit nucleic. Do đó, các đầu dò có nhãn được chuẩn bị bằng các kỹ thuật khác nhau được sử dụng cho các kỹ thuật khác nhau. Dịch Nick là một phương pháp như vậy tạo ra các đầu dò có nhãn với sự trợ giúp của enzyme DNase 1 và DNA polymerase 1.

Quá trình dịch nick bắt đầu với hoạt động enzyme DNase 1. DNase 1 giới thiệu các mũi trong xương sống phốt phát của DNA sợi kép bằng cách cắt liên kết phosphodiester giữa các nucleotide. Khi nick được tạo ra, nhóm 3 'OH tự do của nucleotide sẽ được tạo ra và enzyme DNA polymerase 1 sẽ hoạt động trên đó. Hoạt động exonuclease 5 'đến 3' của DNA polymerase 1 sẽ loại bỏ các nucleotide khỏi nick theo hướng 3 'của chuỗi DNA. Đồng thời, hoạt động polymerase của enzyme DNA polymerase 1 hoạt động và thêm nucleotide để thay thế các nucleotide bị loại bỏ. Nếu các nucleotide được dán nhãn, sự thay thế sẽ xảy ra bởi các nucleotide được dán nhãn và nó sẽ đánh dấu DNA để nhận dạng. DNA được dán nhãn mới được tổng hợp này có thể được sử dụng làm đầu dò trong các phản ứng lai hóa khác nhau trong Sinh học phân tử.

Hình 01: Quá trình dịch Nick

Mở rộng mồi là gì?

Mở rộng mồi là một kỹ thuật được sử dụng để tìm chuỗi RNA cụ thể từ hỗn hợp RNA và xác định vị trí đầu 5 'của bản phiên mã mRNA. Nó cũng được sử dụng để nghiên cứu cấu trúc của RNA và biểu hiện. Phương pháp mở rộng mồi được thực hiện với các mồi được dán nhãn hoặc với các nucleotide được dán nhãn. Nếu các mồi được dán nhãn được sử dụng, nó sẽ loại trừ nhu cầu ghi nhãn các nucleotide được sử dụng để tổng hợp cDNA. Có một số bước trong kỹ thuật này. Nó bắt đầu với việc chiết RNA từ mẫu. Sau đó, một mồi oligonucleotide được dán nhãn được thêm vào hỗn hợp cùng với các thành phần cần thiết để tổng hợp cDNA của một chuỗi RNA cụ thể. Primer ủ với trình tự bổ sung từ hỗn hợp. Sử dụng trình tự ủ ủ làm mẫu, enzyme sao chép ngược enzyme tổng hợp DNA bổ sung (cDNA) của trình tự RNA. Quá trình ủ và sao chép ngược chỉ xảy ra khi trình tự RNA cụ thể có trong mẫu. Cuối cùng, khi biến tính điện di gel được thực hiện, kích thước của chuỗi RNA có thể được xác định. Cũng có thể dễ dàng tìm thấy cơ sở +1 của chuỗi mRNA (trang web khởi tạo phiên mã) bằng phương pháp mở rộng mồi. Lượng mRNA có trong mẫu có thể được định lượng bằng phương pháp này nếu sử dụng mồi thừa.

Hình 02: Mở rộng mồi

Sự khác biệt giữa Nick dịch và mở rộng Primer là gì?

Nick dịch vs Mở rộng Primer
Dịch Nick là một quá trình tạo ra các đầu dò DNA có nhãn cho các phản ứng lai hóa khác nhau.	Mở rộng mồi là một kỹ thuật được sử dụng để tìm RNA cụ thể hoặc nghiên cứu biểu hiện gen.
Enzyme được sử dụng
Enzyme DNase 1 và DNA polymerase được sử dụng.	Enzyme sao chép ngược được sử dụng.
Tầm quan trọng
Dịch Nick tạo điều kiện đánh dấu trình tự DNA cụ thể.	Phần mở rộng mồi cho phép phát hiện kích thước trình tự mRNA cụ thể và số lượng có trong mẫu.

Tóm tắt - Nick dịch vs Mở rộng Primer

Dịch Nick là phương pháp được sử dụng để tổng hợp các đầu dò được gắn nhãn dựa trên các hoạt động của DNase 1 và E coli Enzyme DNA polymerase 1. Nó là một trong ống nghiệm phương pháp được sử dụng trong các phòng thí nghiệm trước các kỹ thuật lai khác nhau. Trong quá trình dịch nick, hoạt động exonuclease 5'-3 'của DNA polymerase 1 sẽ loại bỏ các nucleotide trước hoạt động của nick và polymerase của DNA polymerase 1 thay thế các nucleotide bị loại bỏ bằng các nucleotide được dán nhãn phía sau nick. Mở rộng mồi là một phương pháp được sử dụng để phát hiện bản phiên mã RNA cụ thể từ hỗn hợp và định lượng kích thước cũng như số lượng RNA quan tâm. Đây là sự khác biệt giữa dịch nick và phần mở rộng primer.

Người giới thiệu
1. Reid, Alex. Dịch thuật Nick Nick. Mùa xuân. N.p., n.d. Web. 18 tháng 4 năm 2017
2. Phần mở rộng Primer. Chẩn đoán quốc gia. N.p., n.d. Web. Ngày 19 tháng 4 năm 2017
3. Kuo, M. T. và W. Plunkett. Dịch Nick Nick dịch mã nhiễm sắc thể metaphase: ghi nhãn in vitro của vùng quá mẫn cảm nuclease trong nhiễm sắc thể. Kỷ yếu của Viện hàn lâm Khoa học Quốc gia Hoa Kỳ. Thư viện Y khoa Quốc gia Hoa Kỳ, tháng 2 năm 1985. Web. Ngày 19 tháng 4 năm 2017
4. Raymond và cộng sự. Thử nghiệm PCR mở rộng mồi đơn giản, định lượng để theo dõi trực tiếp microRNA và RNA can thiệp ngắn. RNA. Bản quyền năm 2005 của Hiệp hội RNA, tháng 11 năm 2005. Web. Ngày 19 tháng 4 năm 2017

Hình ảnh lịch sự:
1. Thử nghiệm mở rộng Primer Thử nghiệm của Jjnmmnjj - Công việc riêng (CC BY-SA 3.0) qua Wikimedia Commons