Sự khác biệt giữa QTL và GWAS

Các sự khác biệt chính giữa QTL và GWAS phụ thuộc vào loại trình tự được sử dụng trong phân tích. QTL sử dụng các locus gen liên kết để phân tích các đặc điểm kiểu hình liên quan đến di truyền đa gen trong khi GWAS sử dụng toàn bộ trình tự bộ gen để phân tích các đa hình nucleotide đơn của một điều kiện cụ thể.

Bản đồ QTL và GWAS đóng một vai trò quan trọng trong các phân tích di truyền cho các tính trạng khác nhau. Hơn nữa, chúng rất quan trọng trong việc phân tích các tình trạng bệnh khác nhau với căn nguyên chưa biết. Ngoài ra, giải trình tự đóng một vai trò quan trọng trong cả hai kỹ thuật. Những kỹ thuật này có thể được kết hợp với các kỹ thuật thông lượng cao khác để tăng độ chính xác và độ chính xác.

NỘI DUNG

1. Tổng quan và sự khác biệt chính
2. QTL là gì 
3. GWAS là gì
4. Điểm tương đồng giữa QTL và GWAS
5. So sánh cạnh nhau - QTL vs GWAS ở dạng bảng
6. Tóm tắt

QTL là gì?

QTL là viết tắt của Định lượng Trait Locus. Đó là một khu vực của DNA liên quan đến một đặc điểm kiểu hình. Nói chung, một QTL làm phát sinh các hiệu ứng đa gen. Sự phân bố của các QTL khác nhau và số lượng các QTL cho thấy mức độ biến đổi của một đặc điểm kiểu hình cụ thể. Hơn nữa, họ thường mã hóa cho các tính trạng liên tục và không phải là các tính trạng rời rạc.

Sau khi xác định các khu vực QTL, điều quan trọng là phải sắp xếp một khu vực QTL cụ thể. Hơn nữa, để làm cho việc điều tra và nghiên cứu trở nên dễ dàng, việc sắp xếp và lưu trữ dữ liệu trình tự của các khu vực QTL phổ biến diễn ra với sự tham gia của tin sinh học. Chúng tôi gọi kỹ thuật này là ánh xạ QTL. Sau đó, một cơ sở dữ liệu được xây dựng với các chuỗi khu vực QTL.

Hình 01: Quét QTL

Hơn nữa, các ứng dụng của chuỗi QTL chủ yếu dựa vào công cụ BLAST, trong đó độ tương tự của chuỗi có thể được xác định. Nó rất quan trọng trong việc suy luận mối quan hệ giữa các sinh vật. Hơn nữa, điều quan trọng là xác định độ phức tạp của một kiểu hình đa gen cụ thể. Nó cũng xác định sự tiến hóa của một đặc điểm cụ thể.

Hiện tại, phân tích QTL được kết hợp với các kỹ thuật thông lượng cao khác như microarrays DNA. Điều này rất quan trọng trong phân tích biểu hiện của kiểu hình. Hiện tại, các nhà khoa học rất quan tâm đến việc phát triển cơ sở dữ liệu QTL vì các vùng QTL chịu trách nhiệm cho nhiều đặc điểm quan trọng của các loài khác nhau.

GWAS là gì?

GWAS là viết tắt của Nghiên cứu hiệp hội genome rộng. Nó cũng đề cập đến toàn bộ nghiên cứu hiệp hội bộ gen. Những nghiên cứu này tập trung chủ yếu vào các nghiên cứu quan sát. Nó phân tích các biến thể di truyền của các cá nhân khác nhau thường liên quan đến một đặc điểm cụ thể. Hơn nữa, toàn bộ bộ gen rất quan trọng đối với phân tích GWAS.

Hình 02: GWAS

GWAS là một công cụ quan trọng trong việc phân tích các đa hình nucleotide đơn liên quan đến các tình trạng bệnh khác nhau. Đây cũng là một nghiên cứu so sánh về các đa hình nucleotide đơn khác nhau trên một quần thể rộng. Ngoài ra, mẫu nghiên cứu của GWAS rất cao; do đó, nó cũng có định dạng của một nghiên cứu đoàn hệ cắt ngang.

Hơn nữa, nghiên cứu đầu tiên của GWAS đã diễn ra liên quan đến nhồi máu cơ tim và phân tích các gen liên quan đến nhồi máu cơ tim. Hiện tại, GWAS đóng một vai trò quan trọng trong việc xác định nền tảng di truyền của các bệnh phức tạp không rõ căn nguyên.

Điểm tương đồng giữa QTL và GWAS là gì?

• Họ dựa vào dữ liệu trình tự DNA để phân tích.
• Cả hai đều được liên kết với nền tảng di truyền của các nhân vật khác nhau.
• Hơn nữa, họ yêu cầu các công cụ tin sinh học để suy luận và giải thích kết quả.
• Chúng được thực hiện trên các quần thể lớn.

Sự khác biệt giữa QTL và GWAS là gì?

QTL phân tích các đặc điểm kiểu hình liên quan đến di truyền đa gen bằng cách sử dụng các gen liên kết trong khi GWAS phân tích các đa hình nucleotide đơn của một điều kiện cụ thể bằng cách sử dụng toàn bộ trình tự bộ gen. Vì vậy, đây là sự khác biệt chính giữa QTL và GWAS. Ánh xạ QTL tương đối là một kỹ thuật ít phức tạp hơn so với GWAS vì nó đòi hỏi toàn bộ trình tự bộ gen.

Infographic dưới đây tóm tắt sự khác biệt giữa QTL và GWAS ở dạng bảng.

Tóm tắt - QTL vs GWAS

Ánh xạ QTL và GWAS đóng vai trò chính trong việc xác định nền tảng di truyền của các đặc điểm kiểu hình khác nhau. Họ cũng giúp phân tích nền tảng di truyền của các bệnh khác nhau. Ánh xạ QTL ánh xạ các gen liên kết chịu trách nhiệm cho các tính trạng liên tục và cũng liên quan đến việc ánh xạ các gen di truyền đa gen. Mặt khác, GWAS diễn ra với toàn bộ phân tích bộ gen cho các đa hình nucleotide đơn. Ngoài ra, điều này diễn ra trên một dân số lớn hơn. Vì vậy, đây là tóm tắt về sự khác biệt giữa QTL và GWAS.

Tài liệu tham khảo:

1. Liu, Ruixian, et al. Phân tích của GWAS và nhận dạng QTL về các đặc điểm chất lượng sợi và các thành phần năng suất của bông vùng cao bằng cách sử dụng các dấu SNP mật độ cao được làm giàu. Frontiers in Plant Science, Frontiers Media S.A., ngày 13 tháng 9 năm 2018, Có sẵn tại đây.
2. GẠCH GWAS Vs. Bản đồ Qtl? Bài viết mới nhất, có sẵn ở đây.

Hình ảnh lịch sự:

1. Ví dụ về một bản quét QTL trên toàn bộ bộ gen từ Sinh học PLoS của By - Styrkarsdottir U, Cazier JB, Kong A, Rolfsson O, Larsen H, et al. (2003) Liên kết loãng xương với nhiễm sắc thể 20p12 và Hiệp hội với BMP2. PLoS Biol 1 (3): e69 (CC BY 2.5) qua Wikimedia của Commons
2. Các hiệu ứng alen của GWAS Bệnh Alen do Bush WS và Moore JH - Bush WS, Moore JH (2012) Chương 11: Nghiên cứu hiệp hội trên toàn bộ bộ gen. PLoS Comput Biol 8 (12): e1002822. doi: 10.1371 / tạp chí.pcbi.1002822, (CC BY 2.5) qua Commons Wikimedia