Sự khác biệt giữa sự giống nhau và sự đồng nhất trong sự sắp xếp thứ tự

Các sự khác biệt chính giữa sự giống nhau và bản sắc trong căn chỉnh trình tự là sự giống nhau là sự giống nhau (giống nhau) giữa hai chuỗi so sánh trong khi danh tính là số lượng ký tự khớp chính xác giữa hai chuỗi khác nhau.

Tin sinh học là một lĩnh vực khoa học liên ngành, chủ yếu liên quan đến sinh học phân tử và di truyền học, khoa học máy tính, toán học và thống kê. Căn chỉnh trình tự là một thuật ngữ chính trong tin sinh học. Đây là thủ tục trong đó các chuỗi DNA, RNA hoặc protein được sắp xếp để xác định các vùng tương tự là hệ quả của mối quan hệ chức năng, cấu trúc hoặc tiến hóa giữa các chuỗi. Khi kết thúc căn chỉnh, chúng sẽ được trình bày dưới dạng các hàng trong một ma trận. Để sắp xếp các ký tự giống hệt nhau trong các coloums liên tiếp, các khoảng trống được chèn có mặt giữa các phần dư.

NỘI DUNG

1. Tổng quan và sự khác biệt chính
2. Điểm tương đồng trong sắp xếp thứ tự là gì
3. Danh tính trong sắp xếp thứ tự là gì
4. Điểm tương đồng giữa sự giống nhau và sự đồng nhất trong sự sắp xếp thứ tự
5. So sánh cạnh nhau - Sự tương đồng và nhận dạng trong sắp xếp thứ tự trong dạng bảng
6. Tóm tắt

Tương tự là gì?

Sự tương đồng trong căn chỉnh trình tự là sự tương đồng giữa hai trình tự khi so sánh. Thực tế này phụ thuộc vào bản sắc của trình tự. Sự giống nhau mô tả mức độ mà các dư lượng được liên kết. Do đó, trình tự tương tự chứa các thuộc tính tương tự. Trong tin sinh học, sự giống nhau là một công cụ để đánh giá sự giống nhau giữa hai protein.

Hình 01: Sự giống nhau trong sắp xếp thứ tự

Có hai bước chính để quy trình căn chỉnh trình tự. Bước đầu tiên là căn chỉnh theo cặp, giúp tìm ra sự liên kết tối ưu giữa hai chuỗi (bao gồm các khoảng trống) bằng các thuật toán như BLAST, FastA và LALIGN. Thuật toán phù hợp tìm thấy số lượng hoạt động chỉnh sửa tối thiểu; in-dels và thay thế để sắp xếp một chuỗi với chuỗi khác. Sau khi căn chỉnh cặp khôn ngoan, cần phải có được hai tham số định lượng từ mỗi so sánh cặp khôn ngoan. Họ là bản sắc và tương đồng.

Danh tính là gì?

Danh tính trong căn chỉnh trình tự là số lượng ký tự khớp chính xác giữa hai chuỗi khác nhau. Do đó, khoảng cách không được tính khi đánh giá danh tính. Phép đo được coi là có liên quan đến chuỗi ngắn hơn giữa hai chuỗi. Nó ngụ ý đáng kể rằng nó có tác dụng trong đó danh tính trình tự không phải là bắc cầu. Nếu X = Y và Y = Z, thì X không nhất thiết phải bằng Z. Điều này được suy ra theo thước đo khoảng cách nhận dạng.

Hình 02: Nhận dạng trong sắp xếp thứ tự

Ví dụ: X có trình tự AAGGCTT, Y có trình tự AAGGC và Z có trình tự AAGGCAT. Danh tính giữa X và Y là 100% 5 nucleotide giống nhau / phút [chiều dài (X), chiều dài (Y)]. Danh tính giữa Y và Z cũng là 100%. Nhưng danh tính giữa X và Z chỉ là 85% (6 nucleotide giống nhau / 7).

Điểm tương đồng giữa sự giống nhau và sự đồng nhất trong sự sắp xếp thứ tự?

• Cả hai điểm tương đồng và danh tính là hai thuật ngữ chúng tôi sử dụng trong căn chỉnh trình tự.
• Ngoài ra, họ đề cập đến sự tương đồng giữa hai chuỗi.
• Hơn nữa, chúng tôi biểu thị chúng dưới dạng giá trị phần trăm.

Sự khác biệt giữa sự giống nhau và sự đồng nhất trong sự sắp xếp thứ tự?

Sự giống nhau trong căn chỉnh cho biết sự tương đồng giữa hai chuỗi khi được so sánh trong khi nhận dạng trong căn chỉnh trình tự cho biết số lượng ký tự khớp chính xác giữa hai chuỗi khác nhau. Do đó, đây là điểm khác biệt chính giữa độ tương tự và danh tính trong căn chỉnh trình tự.

Tóm tắt - Sự giống nhau và Danh tính trong Sắp xếp thứ tự

Căn chỉnh trình tự giúp xác định các khu vực tương tự trong DNA, RNA hoặc protein do kết quả của mối quan hệ chức năng, cấu trúc hoặc tiến hóa giữa các trình tự. Do đó, sự giống nhau và bản sắc là hai thuật ngữ chính trong bối cảnh căn chỉnh trình tự. Sự khác biệt chính giữa hai thuật ngữ này là sự giống nhau là sự tương đồng giữa hai chuỗi so sánh trong khi danh tính là số lượng ký tự khớp chính xác giữa hai chuỗi khác nhau. Vì vậy, đây là tóm tắt về sự khác biệt giữa sự giống nhau và bản sắc trong căn chỉnh trình tự.

Tài liệu tham khảo:

1. Bản sắc và sự tương đồng - Một biện pháp định lượng. Nhận dạng và tương đồng - một thước đo định lượng, có sẵn ở đây.
2. Sắp xếp thứ tự chuỗi. Sắp xếp trình tự - Tin sinh học. Wiki Wiki, Có sẵn tại đây.

Hình ảnh lịch sự:

1. Phylogeny không liên kết dựa trên cơ sở và liên kết miễn phí bởi Kolekar Pandurang - Công việc riêng (CC BY 3.0) qua Commons Wikimedia
2. Sản phẩm mẫu của BLAST đầu ra Được xếp hạng bởi Fdardel - Công việc riêng (CC BY-SA 3.0) qua Commons Wikimedia