Sự khác biệt giữa SYBR Green và Taqman

Sự khác biệt chính - SYBR Green vs Taqman
 

SYBR Green và Taqman là hai phương pháp được sử dụng để phát hiện hoặc theo dõi quá trình khuếch đại của PCR thời gian thực. SYBR Green là phương pháp dựa trên thuốc nhuộm nhuộm axit nucleic xen kẽ trong khi Taqman là phương pháp dựa trên đầu dò thủy phân. Cả hai công nghệ này được thiết kế để tạo ra huỳnh quang trong quá trình PCR, cho phép máy PCR thời gian thực theo dõi phản ứng trong thời gian thực.. Phương pháp SYBR Green được thực hiện bằng cách sử dụng thuốc nhuộm huỳnh quang có tên là SYBR green và phát hiện sự khuếch đại bằng cách liên kết thuốc nhuộm để tạo ra chuỗi DNA kép. Taqman được thực hiện bằng cách sử dụng các đầu dò có nhãn kép và phát hiện sự khuếch đại bằng cách làm suy giảm đầu dò bởi Taq polymerase và giải phóng fluorophore. Đây là điểm khác biệt chính giữa SYBR Green và Taqman.

NỘI DUNG
1. Tổng quan và sự khác biệt chính
2. Màu xanh lá cây của SYBR là gì
3. Taqman là gì
4. So sánh cạnh nhau - SYBR Green vs Taqman
5. Tóm tắt

SYBR xanh là gì?

SYBR Green là thuốc nhuộm huỳnh quang được sử dụng để nhuộm axit nucleic, đặc biệt là DNA sợi kép trong Sinh học phân tử. Phương pháp SYBR Green được sử dụng để định lượng sản phẩm PCR trong quá trình PCR thời gian thực. Một khi nó liên kết với DNA, phức hợp nhuộm DNA thu được sẽ hấp thụ ánh sáng xanh và phát ra ánh sáng xanh cực mạnh. Nó xảy ra do sự thay đổi cấu trúc xảy ra trong phân tử thuốc nhuộm khi liên kết với DNA sợi kép. Khi PCR tạo ra càng nhiều DNA, càng nhiều phân tử thuốc nhuộm liên kết với DNA, tạo ra nhiều huỳnh quang hơn. Do đó, huỳnh quang tăng lên cùng với sự tích lũy sản phẩm PCR. Do đó, lượng sản phẩm PCR có thể được đo định lượng bằng phát hiện huỳnh quang xanh SYBR.

Thuốc nhuộm màu xanh lá cây SYBR cũng có thể được sử dụng để dán nhãn DNA trong tế bào học và kính hiển vi huỳnh quang. Ethidium bromide đã được thay thế thành công bởi SYBR Green vì Ethidium bromide là thuốc nhuộm gây ung thư với các vấn đề xử lý trong quá trình hình dung DNA trong điện di gel.

Có những ưu điểm và nhược điểm của phương pháp xanh SYBR. Phương pháp này rất nhạy cảm, rẻ tiền và dễ sử dụng. Tuy nhiên, do khả năng liên kết với bất kỳ DNA sợi kép nào, liên kết không đặc hiệu có thể dẫn đến việc định lượng quá mức sản phẩm PCR.

Hình 01: Kỹ thuật xanh SYBR

Taqman là gì?

Taqman là một phương pháp thay thế cho SYBR Green để theo dõi quá trình PCR thời gian thực. Phương pháp này phụ thuộc vào hoạt động exonuclease 5 '- 3' của enzyme Taq polymerase để làm suy giảm các đầu dò trong quá trình mở rộng chuỗi mới và giải phóng fluorophore. Các đầu dò có nhãn kép được sử dụng trong phương pháp này và nó dựa trên sự thủy phân của các đầu dò. Đầu dò là các oligonucleotide DNA được dán nhãn huỳnh quang có phân tử phóng huỳnh quang (fluorophore) ở đầu 5 'và phân tử chất khử ở đầu 3'. Chúng được thiết kế để liên kết với mẫu bị mắc kẹt ở phía đối diện của lớp phủ mồi. Taq polymerase thêm nucleotide vào mồi và mở rộng chuỗi mới về phía các đầu dò có nhãn kép. Khi Taq polymerase đáp ứng đầu dò, hoạt động exonuclease của Taq polymerase sẽ kích hoạt và làm suy giảm đầu dò. Sau khi hoàn thành quá trình tổng hợp chuỗi mới, đầu dò phải chịu sự xuống cấp hoàn toàn và giải phóng fluorophore. Việc phát hành fluorophore tạo ra huỳnh quang. Phân tử chất khử huỳnh quang làm tắt hiệu quả ánh sáng phát ra và tạo ra đầu ra để định lượng sản phẩm PCR. Việc phát hành fluorophores và số lượng sản phẩm PCR tỷ lệ thuận. Do đó, định lượng có thể được thực hiện dễ dàng bằng phương pháp Taqman.

Hình 02: Phương thức Taqman

Phương pháp Taqman được sử dụng trong PCR thời gian thực, định lượng biểu hiện gen, phát hiện đa hình di truyền, định lượng xóa DNA nhiễm sắc thể, xác định vi khuẩn, xác minh phân tích microarray, kiểu gen SNP, v.v..

Sự khác biệt giữa xanh SYBR và Taqman là gì?

SYBR Xanh vs Taqman
SYBR Green dựa trên thuốc nhuộm liên kết DNA.	Taqman phụ thuộc vào các đầu dò lai và hoạt động exonuclease 5 'đến 3' của Taq polymerase.
Thăm dò huỳnh quang
Không cần thăm dò nhãn huỳnh quang.	Cần có đầu dò có nhãn kép.
Phân tích gen đa gen
Nó không thể được sử dụng cho các mục tiêu gen ghép.	Nó có thể được sử dụng cho các mục tiêu gen ghép.
Giá cả
Cái này rẻ hơn.	Cái này đắt hơn.
Tính đặc hiệu
Điều này ít cụ thể hơn và liên kết với bất kỳ DNA sợi kép nào	Chúng rất đặc biệt vì các đầu dò phát hiện các sản phẩm khuếch đại cụ thể.
Hiệu quả
Điều này ít hiệu quả.	Điều này có hiệu quả cao.
Ứng dụng
Điều này được sử dụng trong PCR thời gian thực, trực quan hóa gel agarose, ghi nhãn DNA, vv.	Điều này được sử dụng trong PCR thời gian thực, định lượng biểu hiện gen, phát hiện đa hình di truyền, vv.

Tóm tắt - SYBR Green và Taqman

Taqman và SYBR green là hai phương pháp được sử dụng trong PCR thời gian thực (PCR định lượng). Cả hai phương pháp đều cho phép định lượng sản phẩm PCR một cách hiệu quả và dựa vào sự phát xạ của huỳnh quang. Phương pháp Taqman sử dụng các đầu dò có nhãn kép để phát hiện DNA tích lũy trong khi phương pháp SYBR Green sử dụng thuốc nhuộm huỳnh quang. Cả hai phương pháp này cũng có những ứng dụng khác nhau trong sinh học phân tử.

Tài liệu tham khảo:
1. Tajadini, Mohamad Hasan, Mojtaba Panjehpour và Shaghayegh Haghjooy Javanmard. So sánh giữa các phương pháp SYBR Green và TaqMan trong phân tích phản ứng chuỗi polymerase thời gian thực định lượng của bốn phân nhóm thụ thể adenosine. Nghiên cứu y sinh nâng cao. Medledge Publications & Media Pvt Ltd, 2014. Web. Ngày 13 tháng 3 năm 2017.
2. Nguyên tắc cơ bản PCR thời gian thực. PCR thời gian thực, định lượng (qPCR), Primers & Mastermix: Primerdesign Ltd. N.p., n.d. Web. Ngày 13 tháng 3 năm 2017.
3. Thuốc nhuộm màu xanh lá cây SYBR màu xanh lá cây và thời gian thực khác. Biocompare. N.p., ngày 05 tháng 4 năm 2010. Web. 14 tháng 3 năm 2017

Hình ảnh lịch sự:
1. PCR PCR với SYBR màu xanh lá cây By -Ygonaar 23:09, ngày 7 tháng 3 năm 2006 (UTC) - Đó là một biểu đồ được tạo bởi Ygonaar với Power point, CC BY-SA 3.0, https: //commons.wik mega.org/w/ index.php? curid = 619528
2. xông Taqman theo người dùng: Braindamaged - Công việc riêng (Miền công cộng) qua Commons Wikimedia