Al Qaeda và Taliban là những nhóm khủng bố khác biệt của những người Hồi giáo cực đoan giải thích sai các nguyên lý của
Al-Qaeda được chính thức tổ chức vào cuối những năm 1980 bởi một số nhà lãnh đạo Hồi giáo cấp cao, bao gồm cả Osama Bin Laden, người đã cung cấp một phần lớn tài trợ của nó. Điều này bắt đầu với tư cách là một nhóm thánh chiến (nghĩa là đấu tranh theo cách của Thiên Chúa) ở Afghanistan, được biết đến với cái tên Maktab al-Khidmat hoặc văn phòng dịch vụ văn phòng, chống lại người Afghanistan và Liên Xô và sau đó phát triển và mở rộng thành một phong trào thánh chiến toàn cầu. Mặc dù phong trào này bắt đầu ở Afghanistan, vào cuối năm 2008, phần lớn các thành viên Al-Qaeda đã sống ở nước này.
Sự khởi đầu của Taliban được báo cáo đã được khởi xướng như là một phản ứng chống lại các lãnh chúa Mujahedeen, và cũng được tài trợ bởi dòng Afghanistan Afghanistan Trade Trade để dọn đường phía Nam qua Afghanistan. Một số người cũng cho rằng Taliban cũng nhận được hỗ trợ từ CIA và ISI (cơ quan tình báo của Pakistan) để chiến đấu chống lại Liên Xô. Từ 1994 đến 1996 Taliban nắm quyền kiểm soát 34 tỉnh. Do đó, Taliban áp đặt luật Sharia ở Afghanistan và với sự giúp đỡ của các nhà lãnh đạo tôn giáo ở Pakistan củng cố thêm quyền lực và áp đặt các quy tắc của nó trong các khu vực giáp ranh với Pakistan cũng.
Hệ tư tưởng theo sau bởi các thành viên Al-Qaeda dựa trên luật Sharia. Một số gợi ý rằng các tác phẩm của Sayyad Qutb hoặc qutbism đã ảnh hưởng lớn đến các nhà lãnh đạo cấp cao của Al-Qaeda. Theo qutbism, Hồi giáo là một lối sống, và hệ tư tưởng này tin vào khái niệm tấn công thánh chiến, đó là chiến tranh vũ trang để thúc đẩy Hồi giáo.
Hệ tư tưởng theo sau Taliban là sự kết hợp giữa Sharia Law và bộ luật bộ lạc Pashtun, chia sẻ một số khái niệm về thánh chiến theo sau là nhóm Al-Qaeda. Họ tuân theo một bộ quy tắc ứng xử rất nghiêm ngặt, cấm truyền hình và video và buộc đàn ông và phụ nữ phải tuân theo quy tắc ăn mặc của Taliban và lối sống của Taliban. Hệ tư tưởng, tuy nhiên, đã thay đổi khi thời gian tiến triển, và sau đó, hầu hết các quyết định và luật pháp được đưa ra và thông qua chỉ bởi Mullah Omar.
Tổng cộng có sáu cuộc tấn công Al-Qaeda đã được thực hiện, bốn vụ chống lại Mỹ. Chúng bao gồm một vụ đánh bom ở Aden, Yemen năm 1992, một cuộc tấn công vào Trung tâm Thương mại Thế giới ở New York, và sau đó vào cuối những năm 1990 tại Đại sứ quán Hoa Kỳ ở Đông Phi đã giết chết 300 người. Vụ tấn công tàn khốc nhất như tại Trung tâm Thương mại Thế giới, New York vào ngày 11 tháng 9 năm 2001. Al-Qaeda cũng đã tham gia vào các cuộc tấn công ở Châu Phi, Châu Âu, Trung Đông và Kashmir.
Taliban đã giành được quyền lực vào năm 1994 với việc chiếm được Thành phố Kandahar và các khu vực lân cận. Taliban nhận được hỗ trợ từ Jamiat Ulema-e-Islam (JUI) ở Pakistan. Sau khi chiếm được Kabul năm 1996, Taliban đã áp đặt luật Sharia ở Afghanistan cấm các bộ phim video, khiêu vũ, cắt tỉa râu của đàn ông và cũng buộc phụ nữ phải ăn mặc theo cách Taliban và mặc burqas. Các hình phạt khắc nghiệt đã được áp đặt lên những tên trộm và kẻ giết người bởi cảnh sát tôn giáo Hồi giáo. Taliban hoạt động ở Afghanistan và Pakistan và các thành viên của nó bao gồm các bộ lạc dân tộc Pashtun khác nhau và các tình nguyện viên từ các quốc gia Hồi giáo giáp biên giới khác.
Taliban cũng chiến đấu với những kẻ cực đoan tôn giáo khác ở Pakistan. Ví dụ, một câu chuyện gần đây của BBC nhấn mạnh một cuộc tấn công của Taliban vào các chiến binh thuộc Lashkar-e-Hồi giáo ở khu vực Khyber.
Al-Qaeda được cho là một mạng lưới các nhóm khủng bố liên kết lỏng lẻo hơn là một tổ chức gắn kết với cấu trúc chỉ huy và kiểm soát và cán bộ khủng bố thường trực. Mặc dù không có nhiều thông tin về Al-Qaeda, một ý tưởng về tổ chức và quản lý hoạt động của nó đã được cung cấp cho Hoa Kỳ bởi một cựu cộng sự của Osama bin Laden trong một lời khai. Theo đó, hoạt động cấp cao của Al-Qaeda được quản lý bởi Osama bin Laden và được tư vấn bởi một hội đồng bao gồm 20-30 thành viên cấp cao của Al-Qaeda. Có nhiều ủy ban khác nhau được thành lập để quản lý các lĩnh vực như hoạt động quân sự, kinh doanh, luật Hồi giáo và truyền thông.
Chính phủ Taliban đã được mô tả là bí ẩn và độc tài và được phân loại là một "chính phủ thay thế". Không có đảng chính trị và không có cuộc bầu cử được tổ chức. Taliban được lãnh đạo bởi Mullah Mohammed Omar, và các chỉ huy của ông chủ yếu là madrasa (tổ chức giáo dục giảng dạy Hồi giáo) giáo viên. Một số tòa án Sharia trên cả nước xử lý các vụ kiện thương mại và dân sự, bao gồm cả việc thu thuế.