Fat32 và NTFS được tạo ra để theo dõi tất cả các tệp trong một đĩa cứng. Fat (Hệ thống phân bổ tệp) do Bill Gates và Marc McDonald tạo ra, là người lớn tuổi hơn trong hai người và đã trải qua rất nhiều thay đổi kể từ lần đầu tiên xuất hiện vào năm 1977. Con số biểu thị số lượng bit cần thiết để theo dõi các tập tin. Fat16 đã trở thành tiêu chuẩn trong một thời gian cho đến khi đĩa cứng có dung lượng lớn hơn 4GB xuất hiện trên thị trường, tại thời điểm đó Fat32 đã được tạo ra.
Mặt khác, hệ thống tệp NTFS được sinh ra từ hệ thống tệp HPFS được OS / 2 sử dụng, một sự hợp tác của IBM và microsoft. Khi thỏa thuận không được thực hiện, một số tính năng trong HPFS đã xuất hiện ở NTFS khi nó xuất hiện cho nền tảng Windows NT. Nó đã được phát triển và xuất hiện trong phiên bản Windows gần đây hơn như XP, Vista và sắp được phát hành Windows 7. Microsoft giữ bằng sáng chế cho NTFS và do đó không tiết lộ bất kỳ chi tiết nào liên quan đến hệ thống tệp chỉ tạo ổ đĩa NTFS Có thể đọc được các hệ thống Windows trong một thời gian dài, mặc dù đã có một số triển khai linux có khả năng truy cập các ổ đĩa NTFS nhưng không có các tính năng nổi bật của nó.
Fat32 là một hệ thống rất đơn giản và không có lông tơ cũng được ghi lại. Nó thực sự không làm được gì nhiều ngoài việc theo dõi vị trí của các tập tin. Đó là lý do tại sao nó trở thành hệ thống tập tin được lựa chọn cho hầu hết các phương tiện lưu trữ di động như ổ đĩa flash, máy nghe nhạc mp3 và thẻ nhớ.
Hệ thống tập tin NTFS hoàn toàn ngược lại, cung cấp nhiều cải tiến không chỉ cải thiện hiệu suất mà còn bảo mật. Một trong số đó là nén tệp trong suốt, tự động nén tệp khi nó được ghi vào đĩa. Điều này có khả năng giải phóng một số dung lượng đĩa nhưng các tệp có thể mất một chút thời gian để tải. Một cái khác là hạn ngạch đĩa trong đó người quản trị hệ thống có thể chỉ định số lượng đĩa mà người dùng nhất định có thể sử dụng.
Lựa chọn giữa các hệ thống tập tin NTFS và FAT32 là một nhiệm vụ tương đối dễ dàng. Nói một cách đơn giản, NTFS là tùy chọn tốt hơn khi bạn muốn triển khai nó trên hệ thống máy tính windows. Không chỉ vì những cải tiến về tốc độ mà còn vì nhiều tính năng của nó. Mặc dù vậy, không nên dùng cho phương tiện di động vì hầu hết các thiết bị và hệ điều hành khác gặp khó khăn hoặc hoàn toàn không thể truy cập ổ đĩa NTFS.