Sự khác biệt giữa trình tự Exome và RNA

Sự khác biệt chính - Trình tự Exome vs RNA
 

Giải trình tự axit nucleic là kỹ thuật xác định thứ tự các nucleotide trong một đoạn DNA hoặc RNA cụ thể của sinh vật. Trình tự là rất quan trọng trong việc xác định cấu trúc DNA và RNA của tế bào và phân biệt một số gen nhất định mã hóa cho các protein chức năng; do đó, giải trình tự có thể được sử dụng để hiểu các đột biến của các gen và biểu hiện gen này. Phương pháp giải trình tự Sanger hoặc các phương pháp giải trình tự thế hệ tiếp theo tiên tiến hơn là các phương pháp giải trình tự thường được sử dụng. Giải trình tự exome là giải trình tự tập hợp hoàn chỉnh các exon hoặc vùng DNA mã hóa có trong một sinh vật trong khi giải trình tự RNA là quy trình giải trình tự của axit Ribonucleic (RNA). Đây là sự khác biệt chính giữa trình tự exome và RNA.

NỘI DUNG

1. Tổng quan và sự khác biệt chính
2. Trình tự Exome là gì
3. Trình tự RNA là gì
4. Điểm tương đồng giữa trình tự Exome và RNA
5. So sánh cạnh nhau - Trình tự Exome vs RNA ở dạng bảng
6. Tóm tắt

Trình tự Exome là gì?

Exome là một tập hợp con của bộ gen bao gồm các gen mã hóa của một sinh vật cụ thể. Các gen mã hóa được đặt tên là exon và được phiên mã thành mRNA và sau đó được dịch thành các chuỗi axit amin. Trong quá trình sửa đổi phiên mã, cơ chế ghép RNA ở sinh vật nhân chuẩn loại bỏ các intron (vùng không mã hóa), và exon vẫn còn. Có hai kỹ thuật chính trong đó giải trình tự exome được thực hiện: dựa trên giải pháp và dựa trên mảng.

Trong giải trình tự exome dựa trên giải pháp, các mẫu DNA được phân đoạn bằng cách sử dụng các enzyme cắt giới hạn hoặc phương pháp cơ học và bị biến tính bởi nhiệt. Trong kỹ thuật này, các đầu dò oligonucleotide biotpinated (mồi) được sử dụng để lai chọn lọc với các vùng mục tiêu trong bộ gen. Hạt streptavidin từ tính được sử dụng cho bước ràng buộc. Liên kết được theo sau bởi một bước rửa trong đó các chuỗi không liên kết và không nhắm mục tiêu bị cuốn trôi. Các mục tiêu bị ràng buộc sau đó được khuếch đại bằng phản ứng Chuỗi polymerase (PCR) và sau đó được giải trình tự bằng cách sử dụng trình tự Sanger hoặc kỹ thuật Giải trình tự thế hệ tiếp theo.

Hình 01: Trình tự Exome

Phương pháp dựa trên mảng cũng tương tự như phương pháp dựa trên giải pháp, ngoại trừ các đoạn DNA được thu vào một mảng vi mô, sau đó các bước liên kết và rửa theo sau trước khi được giải trình tự.

Giải trình tự exome được sử dụng trong nhiều ứng dụng như chẩn đoán bệnh di truyền, trong liệu pháp gen, trong việc xác định các dấu hiệu di truyền mới, trong nông nghiệp để xác định các đặc điểm nông học có lợi khác nhau và trong các quy trình nhân giống cây trồng.

Trình tự RNA là gì?

Trình tự RNA dựa trên bản phiên mã, đây là bản phiên mã hoàn chỉnh của tế bào. Mục tiêu chính của giải trình tự RNA là lập danh mục tất cả các loài của bản phiên mã, bao gồm mRNA, RNA không mã hóa và RNA nhỏ, để xác định cấu trúc phiên mã của gen và định lượng mức độ biểu hiện của từng bản phiên mã trong quá trình phát triển. Trong quá trình giải trình tự RNA, các công nghệ lai hóa (vốn là DNA bổ sung có nguồn gốc từ trình tự mRNA trưởng thành) ban đầu được sử dụng để giải trình tự. Hiện tại, một kỹ thuật thông qua chính xác và tiên tiến hơn được sử dụng để giải trình tự RNA.

Hình 02: Trình tự RNA

Trong giải trình tự RNA, một mẫu RNA có thể là RNA tổng số hoặc RNA phân đoạn được chuyển đổi thành DNA bổ sung (cDNA) bằng cách sao chép ngược và thư viện cDNA được chuẩn bị. Mỗi đoạn cDNA được gắn vào bộ điều hợp ở cả hai bên (giải trình tự kết thúc cặp) hoặc ở một bên (trình tự kết thúc đơn). Các trình tự được gắn thẻ này được giải trình tự bằng cách sử dụng trình tự Sanger hoặc thế hệ tiếp theo, như trình tự exome.

Điểm giống nhau giữa trình tự Exome và RNA là gì?

• Các đoạn được chọn ngắn hoặc toàn bộ bộ DNA / RNA có thể được sử dụng để giải trình tự Exome hoặc RNA.
• Các đoạn được sắp xếp được bảo quản trong các thư viện.
• Trình tự Sanger hoặc giải trình tự thế hệ tiếp theo có thể được sử dụng.
• Cả hai đều là phương pháp giải trình tự in vitro.
• Các mảnh được giải trình tự có thể được xác định bằng thẻ huỳnh quang.

Sự khác biệt giữa trình tự Exome và RNA là gì?

Trình tự Exome vs RNA
Giải trình tự exome là giải trình tự tập hợp hoàn chỉnh các exon hoặc vùng DNA mã hóa có trong một sinh vật.	Giải trình tự RNA đề cập đến quy trình giải trình tự các axit Ribonucleic (RNA); bảng điểm.
Mẫu bắt đầu
DNA bộ gen là mẫu khởi đầu của trình tự exome.	RNA là mẫu khởi đầu của trình tự RNA.
Thành phần
Điều này chỉ chứa các vùng mã hóa của tổng số DNA được gọi là Exons	Điều này có chứa RNA-mRNA / transcriptome.
Trình tự
Có hai phương pháp chính của trình tự exome; công nghệ dựa trên giải pháp và mảng.	Trình tự RNA được thực hiện thông qua việc chuẩn bị thư viện cDNA bằng cách trích xuất tổng số RNA hoặc RNA phân mảnh.

Tóm tắt - Trình tự Exome vs RNA

Exome là tập hợp đầy đủ các vùng mã hóa của một sinh vật và các kỹ thuật liên quan đến việc xác định thứ tự nucleotide chính xác của Exome được gọi là giải trình tự exome. Giải trình tự RNA là kỹ thuật liên quan đến việc xác định thứ tự nucleotide của RNA của một sinh vật. Đây là sự khác biệt giữa trình tự exome và RNA.

Tải xuống phiên bản PDF của Exome vs RNA Sequences

Bạn có thể tải xuống phiên bản PDF của bài viết này và sử dụng nó cho mục đích ngoại tuyến theo ghi chú trích dẫn. Vui lòng tải xuống phiên bản PDF tại đây Sự khác biệt giữa Trình tự Exome và RNA

Người giới thiệu:

1.Wang, Zhong, et al. RNA RNA-Seq: một công cụ mang tính cách mạng cho transcriptomics. Đánh giá tự nhiên. Di truyền học, Thư viện Y khoa Quốc gia Hoa Kỳ, tháng 1 năm 2009, Có sẵn tại đây. Truy cập ngày 3 tháng 9 năm 2017.
2.Warr, Amanda, et al. Trình tự Exome của Exome: Quan điểm hiện tại và tương lai. G3: Genes | Genome | Di truyền học, Hội di truyền học Hoa Kỳ, tháng 8 năm 2015, Có sẵn tại đây. Truy cập ngày 3 tháng 9 năm 2017.

Hình ảnh lịch sự:

1. Quy trình làm việc tuần tự Exome 1a Đá của Malachi Griffith, Jason R. Walker, Nicholas C. Spies, Benjamin J. Ainscough, Obi L. Griffith - (CC BY 2.5) qua Commons Wikimedia
2. Tạp chí của Nhật Bản.pcbi.1004393.g002 Được viết bởi SarahKusala - Công việc riêng (CC BY 3.0) qua Commons Wikimedia