Sự khác biệt giữa mồi PCR và mồi tuần tự
Share
Sự khác biệt chính - Primers PCR vs. Trình tự Sơn lót
Với những phát triển gần đây trong lĩnh vực sinh học phân tử, các kỹ thuật di truyền khác nhau đã được phát triển giúp cho quá trình điều tra các con đường khác nhau của đối tượng trở nên dễ dàng và chính xác. PCR và các thủ tục giải trình tự khác là hai kỹ thuật quan trọng như vậy. Họ sử dụng các thành phần phụ khác nhau. Các đoạn mồi được coi là thành phần phụ chính phổ biến cho cả kỹ thuật PCR và giải trình tự. Các mồi PCR được sử dụng để khuếch đại một chuỗi DNA cụ thể trong khi smồi mồi được sử dụng trong bối cảnh giải trình tự đoạn DNA với mục đích tiết lộ thứ tự cụ thể của trình tự nucleotide. Đây là sự khác biệt chính giữa mồi PCR và mồi tuần tự.
NỘI DUNG
1. Tổng quan và sự khác biệt chính
2. Primers PCR là gì
3. Trình tự mồi là gì
4. Điểm tương đồng giữa mồi PCR và mồi tuần tự
5. So sánh cạnh nhau - Các đoạn mồi PCR so với các đoạn mồi tuần tự ở dạng bảng
6. Tóm tắt
Mồi PCR là gì?
Phản ứng chuỗi polymerase (PCR) là một kỹ thuật di truyền được sử dụng trong lĩnh vực sinh học phân tử để khuếch đại một hoặc một vài bản sao của một đoạn DNA cụ thể và thu được nhiều triệu bản sao giống hệt nhau. Trong phản ứng PCR, các thành phần khác nhau được sử dụng bao gồm cả mồi. Các đoạn mồi là các chuỗi DNA ngắn có chiều dài nucleotide từ 18-25 làm cho chúng tương thích với phần bắt đầu và vùng kết thúc của các đoạn DNA được khuếch đại. Mồi có thể là một mồi trước và mồi ngược. Các đoạn mồi này liên kết với đoạn DNA tại các điểm cụ thể nơi nó tạo ra DNA polymerase để liên kết với đoạn mồi cụ thể tại vị trí và bắt đầu quá trình tổng hợp chuỗi DNA mới.
Việc lựa chọn mồi là một khía cạnh quan trọng của quá trình PCR. Việc lựa chọn chiều dài của mồi là rất quan trọng. Độ dài lý tưởng sẽ là 18-25 nucleotide. Nếu độ dài quá ngắn hoặc quá dài, các đoạn mồi sẽ không liên kết với trình tự DNA để được khuếch đại chính xác. Các đoạn mồi quá ngắn dẫn đến quá trình ủ mồi không đặc hiệu ở các vị trí khác nhau của trình tự DNA.
Hình 01: Mồi PCR
Hàm lượng Guanine và Cytosine (GC) trong một mồi tốt phải nằm trong khoảng 40-60. Nhiệt độ ủ mồi và nhiệt độ nóng chảy là những yếu tố quan trọng trong quá trình PCR. Nhiệt độ nóng chảy phải được tính toán chính xác và nhiệt độ ủ mồi phải là 5 0C nhỏ hơn nhiệt độ nóng chảy. Nhiệt độ nóng chảy phải là 60 ° C và 75 ° C. Nhiệt độ quá cao hoặc quá thấp sẽ dẫn đến hoạt động DNA polymerase ít hoạt động hơn.
Trình tự mồi là gì?
Các đoạn mồi trình tự được sử dụng trong bối cảnh giải trình tự đoạn DNA với mục đích tiết lộ danh tính cụ thể của nó. Để có được kết quả giải trình tự tốt, các đoạn mồi và mẫu chất lượng cao rất quan trọng. Do đó, khi các đoạn mồi được chọn, chúng phải là duy nhất cho một vùng cụ thể nơi chúng ta muốn trình tự. Nó cũng phải theo một hướng chính xác trong đó các chuỗi thường được tạo từ 3 'đến 5' đầu mồi. Trình tự nên thiếu sự tự lai không mong muốn như sự hình thành các vòng kẹp tóc. Nó không nên chứa sự hình thành liên tiếp của căn cứ Guanine.
Nhiệt độ nóng chảy (Tm) của mồi phải phù hợp với các điều kiện của trình tự. Vì vậy, nó nên nằm giữa 52oC và 74oC. Chuẩn bị các oligonucleotide được sử dụng làm mồi nên được tinh chế để đạt được độ dài mong muốn của chuỗi. Nếu các oligonucleotide chứa tạp chất, tín hiệu trình tự mồi sẽ được đặt chồng lên từ các vị trí mồi khác nhau và nó cũng sẽ làm giảm số lượng tế bào cơ sở.
Hình 02: Trình tự mồi
Nhiệt độ nóng chảy mồi (Tm) của một oligonucleotide xác định, các chuỗi DNA bổ sung được lai với nhau mạnh đến mức nào. Tm có thể được coi là một tính toán nhiệt động trong đó nó phụ thuộc vào cả hai chuỗi DNA và một số điều kiện như nồng độ muối. Tm rất quan trọng trong quá trình PCR trong đó một biến thể được gọi là giải trình tự chu trình được sử dụng để tạo ra một nhóm các đoạn kết thúc dideoxynucleotide. Ở đây, đoạn mồi được giải trình tự ban đầu sẽ được ủ xen kẽ, sau đó được mở rộng và cuối cùng bị biến tính để khuếch đại. Do đó, giá trị Tm phải nằm trong khoảng từ 52oC và 74o C. Các oligonucleotide tổng hợp có thể được lấy từ các phòng thí nghiệm tổng hợp DNA / RNA theo lựa chọn. Quy mô tổng hợp nhỏ được sử dụng để giải trình tự DNA thường là 50nmol. Ngoài ra, quan trọng nhất là các mồi được sử dụng để giải trình tự phải được tinh lọc để không có tạp chất sẽ ngăn chặn việc giảm chất lượng.
Điểm giống nhau giữa mồi PCR và mồi tuần tự?
- Cả hai mồi PCR và mồi tuần tự là các mồi được sử dụng trong quá trình khuếch đại của chuỗi DNA được nhắm mục tiêu.
- Cả hai mồi PCR và mồi tuần tự đều được cấu tạo từ các nucleotide.
- Cả hai mồi PCR và mồi tuần tự là các oligome ngắn.
Sự khác biệt giữa mồi PCR và mồi tuần tự là gì?
Mồi PCR so với mồi tuần tự | |
| Các đoạn mồi PCR là các chuỗi DNA ngắn có độ dài chuỗi nucleotide từ 18-25 làm cho chúng tương thích với phần bắt đầu và vùng kết thúc của các đoạn DNA sẽ được khuếch đại. | Các đoạn mồi trình tự là các oligome ngắn được sử dụng trong bối cảnh giải trình tự đoạn DNA với mục đích tiết lộ danh tính cụ thể của nó. |
| Chức năng | |
| Các mồi PCR được sử dụng để khuếch đại một chuỗi DNA cụ thể. | Các đoạn mồi trình tự được sử dụng trong bối cảnh giải trình tự đoạn DNA với mục đích tiết lộ danh tính cụ thể của nó. |
| Số lượng mồi cần thiết | |
| Hai mồi; một mồi chuyển tiếp và một mồi ngược được sử dụng làm mồi PCR. | Chỉ cần một mồi là mồi tuần tự. |
Tóm lược - Mồi PCR vs Trình tự Sơn lót
Các đoạn mồi trình tự được sử dụng trong bối cảnh giải trình tự đoạn DNA với mục đích tiết lộ danh tính cụ thể của nó. Một mồi trình tự sẽ đủ để chạy quá trình. Để có được kết quả giải trình tự tốt, các đoạn mồi và mẫu chất lượng cao rất quan trọng. Do đó, khi các đoạn mồi được chọn, chúng phải là duy nhất cho một vùng cụ thể nơi chúng ta muốn trình tự. Mồi PCR là các chuỗi DNA ngắn có chiều dài nucleotide từ 18-25, tương thích với phần bắt đầu và vùng kết thúc của các đoạn DNA sẽ được khuếch đại. Mồi PCR có thể là mồi mồi tiến và mồi ngược. Hàm lượng Guanine và Cytosine (GC) trong một mồi tốt phải nằm trong khoảng 40-60. Nhiệt độ ủ mồi và nhiệt độ nóng chảy là các khía cạnh quan trọng trong quá trình PCR. Đây là sự khác biệt giữa mồi PCR và mồi tuần tự.
Tài liệu tham khảo:
1. Phản ứng chuỗi polymerase (PCR). Học viện Khan. Có sẵn ở đây
2. Thiết kế mồi và trình tự mồi. Trình tự mồi và thiết kế mồi | Dịch vụ DNA lõi của trường đại học | Đại học Calgary. Có sẵn ở đây
Hình ảnh lịch sự:
1.'Primers RevComp'By Zephyris - Công việc riêng, (CC BY-SA 3.0) qua Commons Wikimedia
2.'DNA Sequencin 3 phương pháp ghi nhãn'By Abizar (người tải lên ban đầu) tại Wikipedia tiếng Anh - Được chuyển bởi Gustavocarra., (Tên miền công cộng) qua Commons Wikimedia
