Sự khác biệt giữa mồi ngẫu nhiên và Oligo dT

Các sự khác biệt chính giữa mồi ngẫu nhiên và oligo dT là mồi ngẫu nhiên là một hỗn hợp của tất cả các trình tự oligonucleotide hexamer có thể, trong khi mồi oligo dT bao gồm một chuỗi kéo dài 12-18 deoxythymidines.

Phiên mã ngược là một cơ chế trong đó cDNA có thể được tổng hợp bằng mRNA hoặc bất kỳ loài RNA nào. Để sản xuất cDNA, cần cung cấp enzyme sao chép ngược và các thành phần cần thiết khác, đặc biệt là mẫu và mồi. Các đoạn mồi là các chuỗi DNA ngắn được thiết kế đặc biệt để khuếch đại các chuỗi mục tiêu. Mồi ngẫu nhiên và mồi oligo dT là hai loại mồi phổ biến được sử dụng trong phiên mã ngược. Do đó, mồi ngẫu nhiên hoặc mồi oligo dT là các trình tự oligonucleotide DNA ngắn cần thiết cho phiên mã ngược để bắt đầu phiên mã ngược. Tùy thuộc vào mẫu RNA, có thể chọn loại mồi phù hợp trong số hai loại mồi này.

NỘI DUNG

1. Tổng quan và sự khác biệt chính
2. mồi ngẫu nhiên là gì 
3. Oligo dT là gì
4. Điểm tương đồng giữa mồi ngẫu nhiên và Oligo dT
5. So sánh cạnh nhau - Các đoạn mồi ngẫu nhiên so với Oligo dT ở dạng bảng
6. Tóm tắt

Primers ngẫu nhiên là gì?

Mồi ngẫu nhiên là một hỗn hợp các oligonucleotide đại diện cho tất cả các chuỗi hexamer có thể. Trình tự mồi của mồi ngẫu nhiên là 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T hoặc C. Do đó, các đoạn mồi ngẫu nhiên có thể được sử dụng để khuếch đại DNA hoặc RNA chuỗi đơn bằng DNA polymerase hoặc sao chép ngược, tương ứng. Ngoài ra, hỗn hợp mồi ngẫu nhiên có khả năng khuếch đại tất cả các vùng của RNA để tạo ra cDNA. Do đó, nó tạo ra các chiều dài khác nhau của cDNA.

Hình 01: Primers ngẫu nhiên

Quan trọng nhất, hỗn hợp mồi ngẫu nhiên không hiển thị độ đặc hiệu của mẫu. Không có khả năng phân biệt mRNA và các loại RNA khác. Và, nó ủ với bất kỳ loài RNA nào trong mẫu. Tuy nhiên, hỗn hợp mồi ngẫu nhiên thích hợp để sao chép ngược các RNA không có đuôi poly (A), chẳng hạn như rRNA, tRNA, RNA không mã hóa, RNA nhỏ, mRNA prokaryotic v.v., RNA bị thoái hóa và RNA có cấu trúc thứ cấp đã biết.

Oligo dT là gì?

Oligo dT primer là một đoạn kéo dài 12 - 18 deoxythymine (dT). Trình tự mồi có thể được biểu diễn dưới dạng 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3. Nó được sử dụng để sản xuất cDNA từ mRNA chứa đuôi poly (A). Về cơ bản, nó hoạt động như một mồi cho phản ứng được xúc tác bởi enzyme sao chép ngược. Trong quá trình sao chép ngược, mồi oligo dT ủ với đuôi poly-adenylated được tìm thấy ở đầu 3 'của hầu hết các mRNA eukaryote và bắt đầu quá trình.

Hình 02: Phiên mã ngược bằng cách sử dụng Oligo dT Primer

Không giống như mồi ngẫu nhiên, mồi oligo dT không phù hợp với RNA hoặc RNA bị thoái hóa thiếu đuôi poly (A), bao gồm RNA prokaryotic và microRNA.

Điểm giống nhau giữa mồi ngẫu nhiên và Oligo dT?

• Mồi ngẫu nhiên và mồi Oligo dT là hai loại mồi được sử dụng trong phiên mã ngược và tạo cDNA.
• Sử dụng mồi ngẫu nhiên và mồi oligo dT với nhau làm tăng độ nhạy của tổng hợp cDNA.
• Chúng là các chuỗi nucleotide ngắn đơn.

Sự khác biệt giữa mồi ngẫu nhiên và Oligo dT là gì?

Mồi ngẫu nhiên là một chuỗi oligonucleotide ngắn bao gồm một chuỗi ngẫu nhiên. Trong khi đó, oligo dT primer là một chuỗi ngắn bao gồm 12 đến 18 deoxythymidines. Vì vậy, đây là sự khác biệt chính giữa mồi ngẫu nhiên và oligo dT. Trình tự mồi ngẫu nhiên là 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T hoặc C. Trong khi đó, trình tự mồi oligo dT là 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3 ' . Do đó, chúng ta có thể coi đây là một sự khác biệt khác giữa mồi ngẫu nhiên và oligo dT.

Hơn nữa, các đoạn mồi ngẫu nhiên không thể hiện tính đặc hiệu của mẫu và chúng ủ với bất kỳ loài RNA nào, trong khi các đoạn mồi oligo dT cho thấy tính đặc hiệu của đuôi poly (A) của mRNA eukaryote.

Infographic dưới đây tóm tắt sự khác biệt giữa mồi ngẫu nhiên và oligo dT.

Tóm tắt - Primers ngẫu nhiên vs Oligo dT

Mồi ngẫu nhiên và mồi oligo dT là hai loại mồi được sử dụng trong tổng hợp cDNA. Mồi ngẫu nhiên bao gồm một hỗn hợp các oligonucleotide, đại diện cho tất cả các trình tự hexamer có thể, trong khi mồi oligo dT là một chuỗi đơn từ 12 đến 18 deoxythymidine. Vì vậy, đây là sự khác biệt chính giữa mồi ngẫu nhiên và oligo dT. Ngoài ra, các đoạn mồi oligo dT rất hữu ích cho quá trình sao chép ngược RNA toàn phần với đuôi poly (A), trong khi các đoạn mồi ngẫu nhiên rất hữu ích để sao chép ngược của hầu hết các loài RNA, bao gồm RNA bị thoái hóa, RNA không có đuôi poly (A) và RNA chứa cấu trúc thứ cấp. Do đó, đoạn mồi ngẫu nhiên không thể hiện tính đặc hiệu của mẫu trong khi đoạn mồi oligo dT thể hiện tính đặc hiệu đối với mRNA của sinh vật nhân chuẩn có chứa đuôi poly (A).

Tài liệu tham khảo:

1. Thiết lập phiên mã ngược: Thermo Fisher Khoa học - Hoa Kỳ. Cài đặt sao chép ngược | Thermo Fisher Khoa học - Hoa Kỳ, Có sẵn ở đây.

Hình ảnh lịch sự:

1. Primers RevCompt của Zephyris - Công việc riêng (CC BY-SA 3.0) qua Commons Wikimedia
2. Mô hình PCR PCR RT Được By By Byesheshimmana - Công việc riêng (CC BY-SA 4.0) qua Commons Wikimedia