Sự khác biệt giữa shRNA và siRNA

shRNA vs siRNA

Trong quá trình can thiệp RNA (RNAi), sự biểu hiện của gen mục tiêu bị đánh sập với tính đặc hiệu và tính chọn lọc cao. RNAi là một quá trình tự nhiên, và nó bao gồm RNA can thiệp nhỏ (siRNA) và RNA kẹp tóc ngắn (shRNA) và shRNA hai chức năng. Hiện nay, RNAi được sử dụng rộng rãi như một công cụ để điều trị ung thư cá nhân hóa. Các ứng dụng của RNAi về cơ bản được thực hiện với các phân tử siRNA sợi đôi và các phân tử shRNA dựa trên vector được tổng hợp hóa học. Mặc dù hai phân tử này có kết quả chức năng tương tự nhau, chúng khác nhau về cấu trúc của chúng; do đó, các cơ chế hoạt động phân tử, các con đường RNA và các tác động ngoài mục tiêu của hai phân tử này cũng khác nhau.

shRNA

shRNA là một chuỗi các phân tử RNA nhỏ tạo ra một vòng kẹp tóc chặt có thể được sử dụng để làm im lặng một biểu hiện gen mục tiêu trong RNAi. Biểu hiện của shRNA đạt được bằng một vec tơ, có thể là virus hoặc vi khuẩn hoặc bằng cách cung cấp plasmid. Chúng được tổng hợp trong nhân của các tế bào và được vận chuyển đến tế bào chất cho các quá trình tiếp theo. Các phân tử này có con đường trưởng thành tương tự của miRNA; do đó, sự tổng hợp của miRNA đã cung cấp nền tảng cho sự hiểu biết về tổng hợp shRNA. Hoặc RNA polymerase II hoặc III có thể phiên mã shRNA thông qua các chất xúc tiến RNA polymerase II hoặc III. Ưu điểm của việc sử dụng shRNA là chúng có tỷ lệ xuống cấp và doanh thu tương đối thấp. Nhược điểm là nó cần một vectơ biểu thức, có thể gây ra một số vấn đề an toàn.

siRNA

siRNA là các phân tử RNA sợi đôi gồm 20-25 cặp cơ sở dài. Chúng được sử dụng để ức chế gen bằng cách làm im lặng bất kỳ gen nào có trình tự nucleotide bổ sung trong con đường RNAi. Sự sụp đổ gen bằng cách thay đổi siRNA thường không thành công do hiệu ứng thoáng qua; đặc biệt là trong các tế bào phân chia nhanh chóng và sự ức chế không kéo dài lâu hơn. Để khắc phục vấn đề này, siRNA được sửa đổi bằng cách giới thiệu cấu trúc kẹp tóc ngắn. Phân tử biến đổi này sau đó được gọi là shRNA. shRNA nên được chuyển đổi thành siRNA bởi một Dicer để tiến hành chức năng bình thường của nó.

Sự khác biệt giữa shRNA và siRNA là gì?

• Không giống như siRNA, shRNA có cấu trúc kẹp tóc phụ. shRNA là phiên bản sửa đổi của siRNA.

• shRNA yêu cầu một vectơ biểu thức, trong khi siRNA thì không.

• shRNA có thể được sử dụng để hạ gục lâu dài trong khi siRNA chỉ có thể được sử dụng để loại bỏ gen ngắn hạn.

• Không giống như sự ức chế gen của siRNA, sự ức chế shRNA kéo dài và nếu được đưa vào qua một vec tơ virus thích hợp, nó có thể tạo ra hiệu ứng làm im lặng gen vĩnh viễn.

• Cần có bộ chuyển đổi để chuyển đổi shRNA trở lại phân tử siRNA để thực hiện các chức năng bình thường của nó.